Un projet très détaillé se formait dans son esprit. Ses enquêtes tendaient toutes à permettre un jour, dans les meilleures conditions possibles, la réalisation de ce projet : fonder dans son pays une école modèle et libre était le but de tous ses efforts.
C’était pour lui, d’ailleurs, un aspect du ministère évangélique auquel il se sentait appelé. À Berlin, Tanaka, qui devait rentrer au Japon pour s’y charger du ministère de l’instruction publique, l’avait supplié de l’y accompagner. Il voulait lui créer une place importante à ses côtés. Nîsima fit son examen de conscience. Il lui parut que, dans l’administration officielle de l’Empire, il n’aurait pas ses coudées franches pour travailler à l’évangélisation de son pays. Il remercia l’homme d’État et, dès qu’il le put, alla reprendre ses études à l’école théologique d’Andover. Il avait son plan. Le 24 septembre 1874, il fut consacré au ministère pastoral. Le moment était venu de rentrer au Japon. Avant son départ, il prit la parole dans une assemblée générale de l’American Board. Il dit ses préoccupations profondes, ce qu’il avait observé dans ses voyages, ce qu’il fallait à son pays ; il expliqua ce qu’il rêvait de fonder. Au sortir de la séance, plusieurs milliers de dollars étaient mis à sa disposition pour cette œuvre.
En décembre 1874, il débarquait à Yokohama. Que de changements depuis sa fuite en 1864 ! Il, voulait contribuer à les rendre plus profonds encore. La tentation, qui s’était présentée à lui à Berlin,
