Il suscita aussi des oppositions, auxquelles ne fut pas étranger le zèle trop ardent de Croiset, à Lyon, auprès des jeunes gens du collège dont la conduite spirituelle lui était confiée, et des jeunes religieux. Critiqué auprès de ses supérieurs, il fut, pour le bien de la paix, écarté de Lyon en 1693. Dix ans plus tard, l’ouvrage, dans son édition de 1694, fut inscrit au catalogue de l’Index (décret du 11 mars 1704), sans que des contemporains aussi bien informés que J. de Galliffet, qui fut assistant de France à Rome, ait pu en connaître la raison véritable (les réviseurs du Collège romain avaient cependant pressenti la mesure : « omnes censemus magis expedire ut non imprimatur », 25 mai 1697 ; il est question de la traduction latine). Le livre ne fut retiré de l’Index que le 29 août 1887, sur les instances de Mgr J. Stadler, archevêque de Serajevo, qui en préparait une traduction croate. Néanmoins de multiples éditions et traductions, avec des modifications de détail, se succédèrent au cours du 18e siècle.
Envoyé à Arles, ensuite à Avignon, Croiset y enseigne la philosophie, puis la théologie à Marseille et à Aix. Il est nommé supérieur à Marseille (1703-1708). Lyon le revoit en 1708. Il y est instructeur du 3e An en 1711. Après un nouveau séjour à Avignon et à Aix (recteur du collège, 1713-1716), il est nommé recteur du collège de la Trinité à Lyon (1716-1719), puis de la maison Saint-Joseph (1719-1723), maître des novices à Avignon (1723-1729), provincial de Lyon (1729-1732). Enfin, il se retire à Avignon, où il meurt le 18 janvier 1738.
Au cours de cette longue carrière d’enseignement, de direction spirituelle, de gouvernement, Croiset ne cessa de composer des ouvrages spirituels, dont les éditions multipliées attestent le succès.
Ce fut d’abord la Retraite spirituelle pour un jour chaque mois (Lyon, 1694). La première édition comporte, après des généralités sur la retraite, six séries de méditations, les mêmes sujets revenant deux fois dans l’année : janvier et juillet, etc. Chaque journée comporte trois méditations, dont la troisième « Des sentiments que nous aurons à l’heure de la mort » est identique pour chaque mois. Les éditions postérieures, considérablement augmentées, comportent douze séries de méditations, une par mois. Si le thème de la mort est repris invariablement à la troisième méditation de la journée, le point de vue sous lequel il est abordé varie cependant chaque fois. Les brèves Réflexions chrétiennes placées à la fin du volume, développées, forment plus tard un volume, publié tantôt comme second volume de la Retraite spirituelle, tantôt en ouvrage autonome, sous le titre Réflexions chrétiennes sur divers sujets de morale, utiles à toutes sortes de personnes, et particulièrement à celles qui font la retraite spirituelle un jour chaque mois (Paris, 1707). En outre, dès 1696, parut un Abrégé de la retraite spirituelle (Lyon) ; en 1704, une Retraite pour se préparer à la mort et, en 1721, les Moyens de conserver les bons sentimens que la retraite inspire… (Paris), qui attestent le succès du livre, pour ne rien dire des nombreuses éditions, traductions et contrefaçons.
De 1712 à 1720, Croiset fit paraître les Exercices de piété pour tous les jours de l’année, contenant l’explication du mystère, ou la vie du saint de chaque jour, avec des réflexions sur l’épitre et une méditation sur l’évangile de la messe, et quelques pratiques de piété propres à toutes sortes de personnes (Lyon), en douze volumes, un pour chaque mois, auxquels s’ajoutèrent, en six volumes, des Exercices de piété pour tous les dimanches et fêtes mobiles de l’année contenant ce qu’il y a de plus instructif et de plus
