Martin de Behaim et du médecin chrétien Rodrigo, siégeaient également à ce congrès deux Juifs, un certain Moise et Joseph (José) Vecinho ou de Viseu, médecin du roi. Celui-ci utilisa, comme base de ses travaux astronomiques, le calendrier perpétuel ou les Tables des sept planètes, ouvrage qu’Abraham Zacuto avait composé pour un évêque de Salamanque. Joseph Vecinho perfectionna également, en collaboration avec deux spécialises chrétiens, l’instrument servant à mesurer la hauteur des astres (l’astrolabe), et si nécessaire à la navigation. Ce fut cet instrument ainsi perfectionné qui aida Vasco de Gama à découvrir la route maritime des Indes par le cap de Bonne-Espérance.
João II prit encore à son service deux autres Juifs, Rabbi Abraham de Béja et Joseph Çapateiro de Lamégo, dont il mit à profit les connaissances géographiques et l’esprit délié pour les envoyer en Asie, où ils devaient transmettre ses communications aux explorateurs qu’il avait chargés de rechercher le pays fabuleux du prêtre Jean. Mais, au fond, il n’avait aucune sympathie pour les Juifs, car dans l’année même où il envoya Joseph Çapateiro et Abraham de Béja en Asie, il nomma une commission d’inquisition, à l’instigation du pape Innocent VIII, pour arrêter les Marranes relaps venus d’Espagne et les condamner au feu ou à la prison perpétuelle. Le sort de ces milliers de Juifs espagnols réfugiés en Portugal était donc bien incertain, puisqu’il dépendait de la bonne volonté d’un monarque, qui était plutôt, pour eux, un ennemi qu’un protecteur.
Mais ces malheureux n’avaient pas seulement les hommes contre eux, la nature aussi leur était contraire. Dès leur arrivée en Portugal, la peste éclata parmi eux et les décima. Comme elle exerça également des ravages parmi les Portugais, ceux-ci accusèrent les Juifs espagnols de l’avoir introduite dans le pays et, par conséquent, reprochèrent au roi d’avoir fait accueil à ces exilés. João II se vit donc obligé d’exiger rigoureusement que tous les réfugiés eussent quitté le Portugal dans le délai fixé.
Conformément aux stipulations, le souverain mit des navires à leur disposition, à des prix modérés, et recommanda aux capitaines de les traiter avec douceur et de les conduire dans les ports
