Aussitôt que Gilles et ses complices furent incarcérés, deux tribunaux s’organisèrent : l’un, ecclésiastique, pour juger les crimes qui relevaient de l’Église, l’autre civil, pour juger ceux auquels il appartenait à l’État de connaître.
À vrai dire, le tribunal civil qui assista aux débats ecclésiastiques s’effaça complètement dans cette cause ; il ne fit, pour la forme, qu’une petite contre-enquête, mais il prononça la sentence de mort que l’Église s’interdisait de proférer, en raison du vieil adage « Ecclesia abhorret a sanguine ».
Les procédures ecclésiastiques durèrent un mois et huit jours ; les procédures civiles quarante-huit heures. Il semble que, pour se mettre à l’abri derrière l’Évêque, le Duc de Bretagne ait volontairement amoindri le rôle de la justice civile qui d’ordinaire se débattait mieux contre les empiètements de l’Official.
Jean de Malestroit préside les audiences ; il choisit pour assesseurs les Évêques du Mans, de Saint-Brieuc et de Saint-Lô ; puis en sus de ces hauts dignitaires, il s’entoure d’une troupe de juristes qui se relevaient dans les interminables séances du procès. Les noms de la plupart d’entre eux figurent dans les pièces de procédure ; ce sont : Guillaume de Montigné, avocat à la cour séculière, Jean Blanchet, bachelier ès lois, Guillaume Groyguet et Robert de la Rivière, licenciés in utroque
