Crespin, réfugié comme lui à Genève, qui préparait alors la réimpression de son fameux ouvrage : Histoire des martyrs persécutés & mis à mort pour la vérité de l'Evangile depuis le temps des apostres iusqu'à present, il rédigea une notice sur la Persécution des fidèles en la terre de l'Amérique. Cette notice est d'ordinaire attribuée à Crespin, mais elle fut réellement écrite par Léry, comme le prouve le passage suivant de son Voyage au Brésil : « La confession de foy de ces trois bons personnages fust enregistrée au catalogue de ceux qui, de nostre temps, ont constamment enduré la mort pour le tesmoignage de l'Evangile de ceste mesme année 1558. Ie la baillay à Iean Crespin, imprimeur ; lequel, avec la narration de la difficulté qu'ils eurent d'aborder en la terre des sauvages, aprez qu'ils nous eurent laissez, l'insera au livre des martyrs, auquel ie renvoie les lecteurs. »
Ce fut le premier ouvrage de Léry. Reçu bourgeois de Genève le 5 août 1560 et nommé pasteur, il fut alors envoyé à Belleville-sur-Saône, près de Lyon, pour y exercer ses nouvelles fonctions. À ce moment, la régente Catherine de Médicis semblait pencher vers le protestantisme. Elle mettait en liberté les détenus pour cause de religion, rappelait les bannis, faisait entrer Condé
