Rome, où il mourut en 1593 ; c’est sous l’auspice de ces deux hommes que fut commencée la Chartreuse de Lyon. L’historien Rubys dit de son côté : « À la diligence d’un bon père de l’ordre des Chartreux, nommé dom Guillaume Chezome, Écossais de nation, autrefois évêque de Vaison, au Comtat de Venisse et Ambassadeur de la très chrétienne Royne Marie à Rome et en France, fut donné commencement au bâtiment qu’ont entrepris de faire, en la coste Sainct-Sébastien et au lieu qui auparavant s’appelait la Giroflée, les religieux du dit ordre de la Chartreuse, et où ils ont commencé d’avoir un couvent, et y mitla première pierre M. le Marquis de Saint-Sorlin (depuis duc de Nemours) et fut le lieu bénist et consacré parce digne prélat et vray mirouër de piété, Messire Pierre de Villars, révérendissime archevêque de Vienne. »
En 1589, Henri III, le vrai fondateur de la Chartreuse de Lyon, était mort, et cette fondation n’avait alors que des commencements rudimentaires. Henri IV, qui lui succéda, jaloux de continuer l’œuvre de son prédécesseur, ou plutôt faisant sienne cette œuvre inaugurée avant lui, par lettres patentes du mois de janvier 1602, s’en déclara le fondateur. Il maintint les Chartreux dans leurs exemptions et franchises et les gratifia en outre d’une somme de dix mille écus sol, à prendre sur les îles formées par le Rhône depuis Lyon jusqu’aux limites du territoire de Saint-Genis-Laval. À cette occasion, il écrivit encore au Consulat la lettre suivante : « 15 janvier 1602. — De par le roy. — Très chers et bien amez, encore que nous ne doubtions point que les gens d’Église ne vous soient assez recommandez, toutefois ayant une particulière affection et dévotion au Monastère des Chartreux de notre ville de Lyon, nous vous avons bien voulu escrire notre lettre affin que vous ayez les religieux dudit ordre et ladite maison en toute bonne et favorable recommandation, et que, se présentant une occasion de les gratifier, vous leur fassiez paroistre que cette lettre ne leur aura pas esté inutile, et vous nous ferez service très agréable. Escript à Paris le xve jour de janvier, signé Henry, et plus bas, de Neufville. » Les rois Louis XIII, en 1617, et Louis XIV, en 1663, confirmèrent leurs exemptions et privilèges.
