Mais ces fossiles « ne révèlent le plus souvent leur origine que par leur forme, dont les détails se sont plus ou moins fidèlement conservés, pendant qu’à leur matière se substituait, en tout ou en partie, celle des roches au milieu desquelles ils se sont enfouis. » (De Lapparent.) Ils ont perdu, en un mot, tout caractère d’organisation, et ne sont plus que des squelettes, des coquilles, des empreintes.
La faune d’un terrain est l’ensemble de ses fossiles animaux ; sa flore est l’ensemble des fossiles végétaux.
« Pour que les fossiles nous aient été conservés, il a fallu qu’après la mort les parties les plus résistantes de l’organisme devinssent, par leur enfouissement au milieu des dépôts protecteurs, totalement ou partiellement préservées de la destruction qu’elles auraient encourue à l’air libre. C’est ce qui a dû arriver, d’une manière habituelle, pour les organismes marins des profondeurs et pour les espèces qui vivent dans les eaux douces ou saumâtres.
« Les animaux supérieurs, tels que les mammifères terrestres et les oiseaux, n’ont pu être conservés que par exception, quand leurs cadavres, flottés lors de, grandes inondations, sont venus échouer au milieu d’alluvions, ou lorsque les animaux eux-mêmes, s’étant aventurés soit dans des marécages instables, soit au-dessus de cavités dissimulées par la neige, ont été enfouis, de leur vivant, au milieu de la vase et du limon.
« D’autres fois, des émanations méphitiques, survenant au bord de lacs ou de sources, ont déterminé l’asphyxie de vertébrés ou d’insectes, en même temps que celle des poissons, dont les restes, en pareil cas, se trouvent réunis en grand nombre sur les mêmes plaques de sédiment. Des phénomènes analogues se sont souvent produits dans les eaux marines où, de nos jours encore, les violents orages ou les tremblements de terre font périr de nombreux animaux. Enfin l’arrivée soudaine d’une forte proportion d’eau douce dans l’eau de mer,
ou réciproquement, suffit à déterminer la mort subite d’êtres que leur chute sur le fond et leur enfouissement ultérieur préserveront d’une destruction totale. » (De Lapparent, p. 790.)
La fossilisation est le remplacement total ou partiel de la substance animale par celle de la roche encaissante ou par les matières qu’amènent les eaux d’infiltration.
« Lorsqu’un débris organique est enfoui dans une vase argileuse, il y a d’abord pénétration, par la vase, de tous les vides que ce débris pouvait présenter. Il se fait ainsi un moule interne en argile. Quant à la matière organique, elle se décompose lentement, et une partie peut revêtir la forme minérale, comme c’est le cas pour les combustibles fossiles. La substance d’un animal, avant de se décomposer, peut laisser sur l’argile une empreinte et même un enduit destinés à demeurer.
« Les vases calcaires qui sont devenues plus tard les plaquettes lithographiques de Solenhofen (Bavière) ont gardé la trace des plumes des reptiles empennés, celle des mâchoires d’annélides, et jusqu’à des empreintes d’animaux mous, tels que les méduses.
« En outre il se passe, sous la double influence de l’eau et de la chaleur
