Le Bethléem de la congrégation, comme l’appelèrent le prélat, le Père Lyonnard et Mme Trapadoux elle-même devenue mère Marie-Madeleine du Cœur agonisant de Jésus, ne suffit pas longtemps au nombre croissant des « Agonisantes ». Des conjonctures rappelèrent la fondatrice à Lyon où elle ne cherchait pas à revenir ; cet appel, d’ailleurs, n’alla pas sans un supplément d’épreuves dont elle s’accommoda comme d’une grâce nouvelle. Des courses et des difficultés sans nombre la menèrent enfin à l’extrémité du faubourg de la Guillotière, dans le quartier de Montplaisir.
Les commencements de cette seconde maison, inaugurée le 24 février 1865, furent comme avaient été les débuts de la première fondation. L’hiver de Lyon, cette année-là, ressembla singulièrement à l’hiver de la Lozère. Mère Madeleine pourvoyait à tout, souffrait pour toutes ses filles empressées de plus en plus à cette règle admirable en ce qu’elle comporte, avec la contemplation claustrale sans aucune altération, l’assistance aux pauvres et aux malades.
L’émeute de 1870 dispersa quelques-unes des religieuses du Cœur agonisant. Mais ce fut le vent semeur de bonne graine : la congrégation se développa, fleurit et fructifia. Mère Madeleine mourut le 2 mars 1883, à trois heures et demie du soir, par une suprême concordance de son holocauste avec celui du Sauveur. Elle ne devait pas voir la nouvelle tourmente qui a obligé ses filles spirituelles à se réfugier, depuis quatre ans, sur la terre étrangère, après avoir abandonné — momentanément — leur chapelle.
La chapelle des religieuses du Cœur agonisant est plus que modeste. Ce n’est point une construction élevée spécialement à cet effet ; mais en 1865, on installa dans les bâtiments une salle convenablement disposée, et qui depuis servit d’oratoire. La chapelle fui bénite, le 22 décembre 1865, par M. l’abbé Pagnon, délégué du cardinal de Bonald. Le 25 décembre, nuit de Noël, on y célébra, pour la première fois, la messe en faveur des agonisants du monde entier. Le père Lyonnard avait obtenu de Pie IX que cette chapelle devînt le second centre de l’archiconfrérie dont le centre principal est établi à Jérusalem, dans l’église patriarcale.
Le maître-autel dédié au Cœur agonisant de Jésus est surmonté d’un grand tableau représentant l’agonie de Notre Seigneur au Jardin des Oliviers. Une peinture : le Cœur compatissant de Marie, placé dans le sanctuaire et un autel dédié à Notre-Dame-des-Sept-Douleurs, rappellent le second vocable de l’Œuvre. Tout autour de cet autel, de nombreux ex-votos sont le témoignage des grâces importantes reçues par l’intermédiaire du cœur de Marie. À droite, dans la nef, se trouve un troisième autel, dédié à saint Joseph mourant ; au-dessus, se voit un tableau représentant ce patriarche expirant entre les bras de Jésus et de Marie.
