Saint-Jean eut pour hôtes des papes et des rois, depuis Innocent IV, ouvrant le treizième Concile œcuménique, jusqu’à Pie VII, y bénissant les drapeaux de la garde nationale ; depuis Louis IX, partant pour la croisade et, frappé par la peste, y recevant au retour les honneurs funéraires, jusqu’à Henri IV, y célébrant son mariage avec Marie de Médicis. Certains affirment que l’édifice est la parfaite expression du génie lyonnais, avec sa physionomie d’apparence froide, ses lignes simples et solides, ses tours inachevées, son intérieur où rien n’étonne les regards, où tout repose l’esprit.
Saint-Jean est l’œuvre du chapitre. Avant d’aborder l’histoire et la description de l’édifice, il n’est pas inutile de se remémorer les origines du chapitre lui-même. Leidrade, quarante-deuxième évêque de Lyon, élu vers 798, avait, d’après une respectable tradition, transporté le siège épiscopal à Saint-Étienne. Jusqu’alors, les évêques étaient restés sur la rive gauche de la Saône, territoire qui forma jadis le domaine sacré du temple d’Auguste, tandis que les rois et les comtes résidaient dans l’ancienne métropole impériale. Les Sarrasins ayant ruiné tous les édifices, Leidrade dut restaurer le vieux sanctuaire des rois burgondes. Il y installa, pour le service de l’église, des prêtres vivant selon les règles ou canons, d’où leur nom de canonici, chanoines ; avec le temps, les humbles « Frères de Saint-Étienne » deviendront ces chanoines opulents, rivaux en puissance et en richesses, des successeurs de Leidrade.
Le chapitre de Saint-Jean se considérait comme co-propriétaire, avec l’archevêque, des biens et terres de l’église. Du reste, celui-ci fut plus tard l’élu des chanoines qui, hormis le caractère dont il était revêtu, le regardaient comme le premier d’entre eux, primus inter pares. Il n’était admis au chœur de Saint-Jean que revêtu du camail des chanoines, et, à moins qu’il officiât, n’y avait d’autre siège que la première stalle canoniale.
Aussi, lorsqu’après une longue lutte entre les archevêques de Lyon et les comtes de Forez, le traité de 1160, ratifié en 1175, eut définitivement délimité les possessions de l’église et celles du comté, les chanoines s’empressèrent de se faire reconnaître, par l’empereur Barberousse, le titre de comtes de Lyon, conjointement avec l’archevêque (1184). Quelques années plus tard, en 1193, ils réclament le partage du domaine de l’église, et chacun des deux seigneurs a désormais ses officiers et sa juridiction. Les archevêques s’établissent au château de Pierre-Scize ; le quartier de Saint-Jean, enfermé dans une muraille, reste sous l’autorité du chapitre.
Selon toute probabilité, la construction de l’église actuelle fut commencée sous le pontificat de Gaucerand ou Josserand, qui occupa le siège épiscopal de Lyon de 1107 à 1117. On ne sait presque rien sur l’ancien baptistère. Il est qualifié par Leidrade de maxima ecclesia, grande église, ce qui s’applique à ses dimensions. — Saint-Étienne ayant conservé son titre de cathédrale jusqu’au xiiie siècle. En effet, tant que le baptême s’est donné par immersion et n’a été administré que deux fois par an, aux veilles de Pâques et de Pentecôte, les baptistères étaient nécessairement de vastes édifices. Il est à présumer que celui de Saint-Jean, approprié plus tard aux fonctions du culte, avait été, vu l’exiguïté relative de la cathédrale, affecté aux cérémonies solennelles. M. Guigue signale que, vers 1080, le doyen Richon en restaura la toiture.
