Depuis l’érection de Saint-Jean en cathédrale, le titre de baptistère avait passé à Saint-Étienne. En dernier lieu, on n’y baptisait plus que les Juifs et les infidèles. De tradition, il ne s’y faisait pas d’inhumation. Le même usage exista longtemps à Saint-Paul, mais le chapitre de cette église s’en départit au xvie siècle.
Sainte-Croix confinait à Saint-Étienne. Fondée au viie siècle par l’évêque Arigius et reconstruite vers 1450, c’était, peut-on dire, une grande bâtisse sans style, éclairée par des baies ogivales. L’église était précédée d’une cour à laquelle on accédait par la rue Saint-Jean. Au chevet, se trouvait une maison qui existe encore sur la rue des Estrées et qui servait d’habitation aux deux custodes ou curés. Le cimetière paroissial s’étendait derrière l’abside de Saint-Étienne.
Au Musée lapidaire de Lyon, en peut voir la pierre tombale de Ponce de Vaux, décédé en 1352, custode de Sainte-Croix et, en même temps, pénitencier ; il absout un pénitent en le touchant avec des verges. C’est en souvenir de ce mode d’absolution que l’on place à Saint-Jean, le dimanche de la Septuagésime, un petit faisceau de verges sur un prie-Dieu, au bas de la nef.
Quand les deux églises furent démolies, les matériaux trouvèrent leur emploi sur place, dans les habitations qu’on éleva. Des portions de murailles durent même être conservées et utilisées, ainsi qu’en témoigne un pilier de fenêtre avec fragment d’ogive, qui se voit encastré dans un mur, au fond de la seconde cour qui porte le numéro 6 sur la rue Saint-Étienne. Plusieurs portes d’allée à deux battants, qu’on rencontre dans le périmètre, proviennent certainement des deux églises ou de leurs dépendances. Des tableaux et des morceaux de sculpture décoraient les deux édifices ; mais tout a disparu dans la tourmente révolutionnaire, soit que les objets aient été détruits, soit qu’on les ait détournés.
Les anciens chapitres étaient de véritables puissances sociales. Mais nés de la féodalité, adaptés au régime féodal, ils durent nécessairement disparaître lorsque les dernières traces de ce régime furent emportées par le temps.
Le chapitre de Saint-Jean, tel qu’il existe à la fin du xviiie siècle, se compose de trente-deux chanoines, dont huit dignités : doyen, archidiacre, précenteur ou grand-chantre, chantre, chamarier, grand sacristain, grand custode et prévôt de Fourvière. Tous ont dû faire preuve de quatre quartiers de noblesse, paternels et maternels. C’est ainsi que Camille de Villeroy, déjà pourvu des abbayes d’Ainay et de l’Île-Barbe, et qui devait être plus tard archevêque de Lyon, se vit refuser un canonicat parce que la noblesse de sa famille ne comportait pas quatre quartiers pleins. Il y a mieux. Le roi de France était, par naissance, premier chanoine de Saint-Jean et faisait son entrée à l’église, l’aumusse sur le bras : or, on prétend que certains membres du chapitre, lorsqu’il s’agit de recevoir Louis XIV, objectèrent qu’on trouvait une mésalliance dans sa lignée, par le mariage de son aïeul Henri IV avec une Médicis.
