ensuite à celle de Saint-Pierre de Luxembourg, commencée par un sieur Étienne de Viry et achevée par Jean Cœur, fils de Jacques, l’argentier fameux de Charles VII. « L’on voit encore, écrit Clapasson, contre le mur à côté de l’une de ces chapelles, à main droite, une forme de tombeau de marbre, terminé par une figure de la mort ; ce sont les restes du magnifique mausolée que les Pazzi avaient fait élever dans cette église et que Marie de Médicis, étant en cette ville, fit renverser par ressentiment. »
Le 27 décembre 1669, l’archevêque Camille de Neuville consacra de nouveau l’autel de la chapelle Saint-Pierre de Luxembourg sous le titre de ce même saint, de saint Joseph et de saint François de Sales. Auparavant, la muraille qui séparait la chapelle de la grande Notre-Dame de celle de Saint-Pierre de Luxembourg avait été abattue et, au-dessous de l’autel qui était adossé, on avait trouvé une boîte en plomb contenant quelques reliques, trois grains d’encens et une feuille de parchemin portant un acte latin de consécration du 17 octobre 1573, émanant de Jean Henry surnommé le Fléau des hérétiques, évêque de Damas et suffragant d’Antoine d’Albon, archevêque de Lyon. La chapelle dite de la comtesse, construite par le comte de Clissy et la comtesse sa femme, Jeanne de Bigny, qui y furent inhumés, et celle des Onze mille Vierges due à Jean Garnier, notaire du xve siècle, n’offraient rien de remarquable.
La dernière nuit d’avril 1562, les calvinistes surprirent Lyon : ils entrèrent d’abord dans le couvent des Célestins ; les soldats du baron des Adrets s’y retranchèrent comme dans une citadelle et bombardèrent de là les antiques et épaisses murailles du cloître des chanoines-comtes de Saint-Jean. Les religieux, à leur retour, l’année suivante, ne rencontrèrent que des murs demi-démolis. En 1383, alors qu’ils s’étaient à peine relevés
