Ces travaux finis, l’archevêque de Lyon, Simon de Marquemont, vient, le 6 juin 1615, consacrer cette portion disposée pour le service divin. Mais le nombre des religieux ne permettait pas de donner à la célébration des offices la solennité désirable ; l’archevêque écrivit donc une lettre pressante au père général pour demander que le monastère fût repeuplé. Deux autres lettres, tout aussi suppliantes, l’une du gouverneur, l’autre du consulat, formulaient la même requête, laquelle fut écoutée : vers le commencement d’octobre 1616, quinze religieux et trois frères convers vinrent reprendre en quelque sorte possession du couvent. Mgr de Marquemont, en témoignage de satisfaction, voulut célébrer avec eux les premières vêpres de leur patron, saint Bruno, et gravit à nouveau la colline, le lendemain, pour officier pontificalement à la grand’messe ; il officia, selon le rite, le cérémonial particulier aux Chartreux, non sans faire quelques fautes, comme l’insinue notre auteur.
Dans l’intervalle des quinze années qui suivent, on continue les travaux d’embellissement : les boiseries de la sacristie, telles qu’elles existent encore aujourd’hui sans grande modification, datent de 1620. Des peintures décoratives se font à la voûte et aux murailles de ce qu’on nomme toujours « le vieux sanctuaire ». Horace Leblanc, élève de Lanfranc, donne, en 1625, quittance « du prix de ses ouvrages en peintures à fresque de la vie de saint Bruno au petit cloître et en d’autres endroits de l’église » ; François Perrier devait, un peu plus tard, achever l’œuvre de Leblanc au petit cloître, et peindre le côté qui est au midi. On lui commanda également un tableau du Calvaire pour le chapitre, un Christ au Jardin des Oliviers pour la sacristie, une Cène pour le réfectoire, la Résurrection d’un mort par saint Anthelme pour le chœur de l’église : ce dernier tableau est la seule œuvre qui subsiste des toiles et des fresques de Perrier.
