d’Utrecht en Hollande, abbé de Villard, chancelier de l’ordre de la Toison d’or, ambassadeur de France auprès de l’empereur Charles-Quint. Son successeur est Louis Ier de Bourbon-Vendôme, cardinal de Luxembourg, évêque de Laon, puis abbé d’Ainay en 1532. Viennent ensuite Antoine III de Talaru, archidiacre de Lyon, mort en 1540 ; Nicolas de Gaddi, né à Florence, cardinal, évêque de Sarlat, abbé commendataire de Jouy, enfin abbé d’Ainay de 1543 à 1552 ; François Ier de Tournon, archevêque de Lyon et abbé d’Ainay de 1554 à 1562 ; Hippolyte d’Esté, archevêque de Lyon, abbé d’Ainay de 1562 à 1567 ; Vespasien Gribaldi, archevêque de Vienne, abbé d’Ainay de 1568 à 1579 ; Louis de la Chambre, vicaire général de Vienne, abbé d’Ainay de 1582 à 1587 ; Pierre II d’Épinac, 1588-1596, en même temps archevêque de Lyon ; Michel Chevalier, 1599 ; Guillaume V Fouquet de la Varenne, évêque d’Angers, mort en 1620 ; Camille de Neuville de Villeroy, archevêque de Lyon et abbé d’Ainay, 1621-1693. En 1685, il obtint du Saint-Siège la sécularisation de l’abbaye ; les moines furent ainsi transformés en chanoines.
Abbés séculiers. — Les abbés commendataires devinrent séculiers, mais sans résider davantage ; en voici la liste complète : François-Henri de Nettancourt d’Haussonville de Vaubecour, nommé abbé le 8 septembre 1693 ; puis plus tard, évêque de Montauban ; il meurt à Paris le 17 avril 1736. C’est à lui que l’on doit l’ouverture de la rue qui porte son nom, rue prise sur les terrains de l’abbaye ; Henri Oswal de la Tour d’Auvergne, archevêque de Tours et de Vienne, enfin cardinal, mort à Paris le 23 avril 1747 : Frédéric-Jérôme de la Rochefoucaud, archevêque de Bourges, abbé d’Ainay le 7 mai 1747, cardinal l’année suivante, mort à Paris le 29 avril 1757 ; Pierre de Guérin de Tencin, cardinal archevêque de Lyon, mort le 2 mars 1758 ; Lazare Victor de Jarente de la Bruyère, abbé d’Ainay en 1758, il l’était encore à la Révolution et avait sa résidence à Marseille dans l’abbaye Saint-Victor dont il était aussi titulaire.
Les abbés ne résidant pas, le chapitre était gouverné par un prévôt, nous dirions aujourd’hui curé ; il paraît superflu d’établir la liste des prévôts ; contentons-nous de mentionner le dernier dont le nom est bien connu : Louis Charrier de La Roche, naquit à Lyon, le 17 mai 1738, fut nommé prévôt en 1771, évêque constitutionnel de Rouen le 20 mars 1791, évêque concordataire de Versailles en 1801 et mourut le 17 mars 1827.
À la Révolution, les chanoines se séparèrent, le palais abbatial passa entre les mains de locataires laïques et fut rasé, les maisons canonicales vendues ou renversées pour faire place à des rues, l’église elle-même dévastée et fermée. Au retour de la paix religieuse, Ainay fut de nouveau érigé en paroisse et administré, pendant le xixe siècle, par des curés qui tous ont laissé bon renom de leur passage ; ce furent successivement : M. Régnier, 1825 ; M. Ferrand, 1825-1844, qui, avec l’architecte Pollet, fit dans l’église les modifications et additions signalées ci-dessous ; M. Boué, 1844-1868, archéologue distingué, auteur de notices sur les anciennes églises et les cryptes de Lyon, qui s’occupa aussi des restaurations
