Tout au-dessus, se profilent les toitures de l’église ; entre le toit conique de l’abside et celui à double rampant de la nef, s’élève le clocher lanterne, carré, trapu, recouvrant la croisée du transept et sa coupole. Il est surmonté d’une croix dorée. Les quatre faces sont percées, chacune de deux baies géminées, avec colonnettes et chapiteaux sculptés de feuilles grasses. La façade latérale nord ne présente aucune particularité : elle se trouve sur l’emplacement de l’ancien cloître, dont il existe encore une arcade dissimulée sous le badigeon du mur, ainsi qu’une porte à arc surbaissé qui servait de communication entre l’église et le cloître, avant la dévastation de ce dernier par le baron des Adrets. Le mur de clôture donnant sur la rue des Remparts-d’Ainay, est percé d’une porte à plein cintre, formée de débris antiques et notamment d’un linteau orné de rinceaux et soutenu par deux colonnettes avec chapiteaux romans.
Dans l’intérieur de l’église abbatiale, du cloître et des bâtiments claustraux, il existait jadis un certain nombre de chapelles, ou d’autels aujourd’hui disparus, signalés pourtant dans les documents, et dont, pour certains, l’emplacement est inconnu.
De plus, certaines chapelles ont plusieurs fois changé de vocables, ce qui prête parfois à confusion : dans la grande église, par exemple, la chapelle Saint-Benoît, qui se trouvait jadis à droite en entrant, est actuellement placée dans l’absidiole de gauche ; la chapelle de la Vierge aurait été primitivement, d’après certains auteurs, la chapelle actuelle Saint-Michel ; transportée ensuite dans l’absidiole
