Ce qu’on sait moins, c’est que le cardinal réalisa un projet qui lui tenait à cœur : la création d’une communauté de religieuses chargées d’aider les missionnaires dans leur apostolat. Voici dans quelles circonstances. Il y avait à peine six mois que l’évêque avait pris possession du siège d’Alger quand éclata, dans son diocèse, une affreuse famine à laquelle se joignit le typhus. C’est ce qui conduisit le prélat à fonder deux vastes orphelinats pour recueillir 1.800 orphelins arabes ; celui des garçons fut établi k Maison-Carrée, celui des filles à Saint-Charles de Kouba. Ce fut pour moraliser ces jeunes enfants et leur donner les principes de la religion chrétienne, que l’archevêque fonda, en 1868, la Société des missionnaires d’Alger, puis, en 1869, la Congrégation des Sœurs missionnaires d’Afrique pour les petites filles.
Huit bretonnes furent les premières pierres vivantes de cet édifice. Pour les former à la vie religieuse, on fit venir de Nancy quelques sœurs Saint-Charles. Bientôt la congrégation grandit : dix, vingt, trente sœurs se trouvèrent réunies pour se dévouer aux orphelines. Lorqu’arriva le moment de songer à l’avenir des orphelines, on les maria avec les orphelins de Maison-Carrée, ce qui facilita l’établissement de villages d’Arabes chrétiens. La première paroisse s’appela du nom de saint Cyprien et vingt ménages chrétiens y établirent domicile en 1873. Dès lors une nouvelle période s’ouvrit pour la Congrégation des Sœurs Notre-Dame d’Afrique et quelques-unes allèrent s’établir dans le village Saint-Cyprien pour continuer leur rôle d’éducatrices. Lorsqu’un hôpital devint nécessaire pour soigner les malades, les incurables, les vieillards et les infirmes, on le créa, en 1876, sous le nom d’hôpital Sainte-Élisabeth. Les sœurs missionnaires y prodiguèrent leur dévouement au point que, lors de la famine de 1893, cet établissement hospitalisa 1.313 malades.
En 1878, Mgr Lavigerie comprenant la nécessité de fonder des missions dans les hautes régions de la Kabylie, y envoya les sœurs pour ouvrir des écoles. Enfin, en 1882, après sa nomination comme administrateur apostolique de Tunisie, il établit à La Marsa, une maison de refuge pour les filles abandonnées ou égarées.
Pour répondre aux besoins des nouvelles fondations le prélat avait créé, en 1887, deux postulats en Europe. Il établit lui-même le premier à Lyon, puis se rendit en Hollande et choisit Maëstricht pour la seconde maison de probation. Le postulat de Lyon fut transféré à Paris en 1891 et rétabli à Lyon en 1893 ; enfin, en 1890, une troisième maison fut établie à Milhau dans l’Aveyron, et une procure à Marseille en 1898.
La congrégation comptait, en 1892, trois maisons en Tunisie, trois en Kabylie et trois dans la plaine du Chéliff ; elle avait, outre la maison mère et l’orphelinat Saint-Charles, plusieurs autres établissements sur le littoral. Après la mort du cardinal Lavigerie, son champ d’action s’étendit encore plus loin ; des sœurs partirent pour Biskra, pour Ghardaïa ; en outre, de nombreux hôpitaux furent fondés : celui de Sainte-Eugénie à Beni-Menguellath, 1894 ; de Saint-Augustin dans le massif entre Batna et Tebessa, 1895 ; celui de Biskra, 1896 ; de Ghardaïa ; l’hôpital Saint-André dans la province d’Oran, en 1899.
De plus, à partir de 1899, les sœurs furent envoyées dans les vicariats apostoliques de
