Antilles, la Guyane, Madagascar et Pondichéry réclamèrent le zèle de la digne fondatrice. Elle-même, au commencement de 1822, débarqua au Sénégal, organisa les écoles et les hôpitaux de Saint-Louis et de Corée, et établit des sœurs à Sainte-Marie de Gambie et à Sierra-Leone. Mais ses forces succombèrent, les fièvres la saisirent, on la ramena à Saint-Louis d’où on la dirigea vers la France.
Mère Javouhey avait déjà soixante-quinze de ses filles dans les colonies, et en France les œuvres se développaient merveilleusement. On lui proposa l’hospice d’aliénés de Saint-Yon, puis celui d’Alençon. Le gouvernement pour reconnaître les services de la congrégation Saint-Joseph accorda l’autorisation définitive, le 17 janvier 1827, et les évêques d’Autun et de Beau vais approuvèrent les nouveaux statuts qui remplaçaient ceux de 1806. Le gouvernement fit encore appel à son dévouement pour la colonisation de la Guyane, puis il lui confia la libération de 500 nègres esclaves. Mère Javouhey n’était cependant pas sans épreuve ; elle en eut à subir de la part des évêques d’Autun et de Paris ; enfin tout s’aplanit, et elle expira le 15 juillet 1851 dans sa 72e année. À la mort de la fondatrice, la congrégation Saint-Joseph de Cluny comprenait 900 religieuses ; elle en compte aujourd’hui près de 4000, réparties dans 129 maisons en France et 187 à l’étranger.
Dom Babin, biographe de la mère Javouhey, résume ainsi son caractère : « Cette sainte femme a été une des premières fondatrices qui ont mis au service de l’apostolat catholique des légions de vierges consacrées à Dieu. Aucune de ses imitatrices ne l’a surpassée ni peut-être égalée dans la générosité du sacrifice, l’éclat et la variété des œuvres, la force et l’originalité de l’esprit, et, pour tout dire, la sainteté. »
La congrégation Saint-Joseph de Cluny possédait à Lyon, en 1900, deux communautés,
