Quoi qu’il en soit, il n’y a aucun doute que les grands hommes d’État de cette époque étudiaient les principes et le dogme de cette nouvelle religion en même temps que la conduite qu’ils devaient tenir en se prononçant pour l’autorisation ou la prohibition de sa prédication. Nobounaga convoqua à cet effet un conseil et Iéyasou questionna souvent William Adams ; ce que les hommes d’État ont craint, ce n’était pas principalement la propagation de la religion chrétienne, mais plutôt la politique du gouvernement espagnol et les façons d’agir des missionnaires. Ces craintes devinrent en effet réelles et l’insurrection d’Amakousa devait coûter cher au gouvernement shogounal.
Aussi, à dater de cette révolte, le christianisme fût-il sévèrement prohibé et le commerce étranger très restreint. Des Européens, il ne resta plus que les Hollandais qui purent trafiquer chez nous et encore dans le seul port de Nagasaki, et sous des conditions très restrictives : « Jamais commerce ne fut plus avantageux aux Portugais que celui du Japon, dit Voltaire. Ils en rapportaient à ce que disent les Hollandais, trois cents tonnes d’or chaque année et on sait que cent mille florins font ce que les Hollandais appellent une tonne. C’est beaucoup exagérer ; mais il paraît, par le soin qu’ont ces républicains industrieux et infatigables de se conserver le commerce du Japon à l’exclusion des autres nations, qu’il produisait, surtout dans le commencement, des avantages immenses. »
