Dans le courant du mois de janvier 1873 parut un bref pontifical détachant le canton de Genève du diocèse de Lausanne et confiant les pouvoirs épiscopaux dans les paroisses ainsi détachées au chef souvent imprudent de la propagande ultramontaine en ces parages, M. Mermillod. C’était là un acte en contradiction avec les conventions essentielles sur lesquelles reposait l’organisation de l’église catholique dans le canton de Genève, en particulier avec le bref de Pie VII de 1819. Des actes nombreux qui, depuis 1815, ont successivement modifié l’organisation du catholicisme genevois était résulté un état de choses qui ne pouvait être changé que par le consentement mutuel des deux parties. Pour justifier la mesure papale, les ultramontains sont obligés de soutenir que, les concessions antérieures n’étant que « des actes de bienveillance et de haute faveur » de la part du pontife romain, celui-ci gardait toujours le droit supérieur de retirer la grâce qu’il avait cru devoir accorder à une autre époque.
Il est clair que le gouvernement fédéral avait le droit de protester contre l’acte papal de janvier 1873 et le devoir de n’en tenir aucun compte. Cet acte était la violation du modus vivendi établi ; la rupture était venue de la cour de Rome. Il fallait en prendre acte. À partir de janvier 1873, M. Mermillod n’était plus qu’un citoyen suisse, sans nul privilége garanti par l’état ; M. Agnozzi n’était plus nonce du pape que pour les fidèles à qui il convenait de lui donner ce titre. Pour le gouvernement, il n’était plus qu’un étranger de distinction, traité naturellement avec toute sorte d’égards. Dans le canton de Genève en particulier, le budget cantonal du clergé catholique se trouvait supprimé ; le catholicisme n’existait plus que comme telle secte baptiste ou méthodiste libre, sans titre officiel. Des lois ultérieures eussent pu intervenir, non sur la base d’arrangemens que le saint-siége avait déchirés, mais au nom du droit naturel, qui veut que l’homme soit libre d’adhérer à la communauté religieuse qu’il croit la meilleure, et reçoive même de l’état toute facilité pour cela.
Le gouvernement fédéral suivit une voie opposée. Non content de ne pas reconnaître M. Mermillod pour évêque de Genève, il l’exila sans condamnation juridique, acte tout à fait extra-légal. Au lieu de signifier à M. Agnozzi qu’il n’était plus nonce du pape, puisqu’un tel titre avait cessé d’exister par le fait même de la cour de Rome, on lui signifia un ordre de départ. Au lieu de laisser les catholiques se débattre dans leurs luttes intestines et de leur retrancher toute subvention, le canton de Genève fit pour les catholiques une véritable constitution civile, réglant, comme s’il eût été une autorité canonique, l’organisation intérieure de l’église, consommant le Schisme avec Rome, mettant à l’élection les charges ecclésiastiques. Voilà des
