On a vu plus haut qu’il dut revenir en France en 1886 et y séjourna jusqu’en 1899. La seconde période de son activité archéologique en Égypte s’étend de la fin de 1899 jusqu’en 1914, date de son retour définitif.
Cette seconde période eut un caractère un peu différent de la première. L’influence anglaise avait modifié déjà et modifiait de plus en plus l’administration khédiviale. La pacification du pays, l’ordre qui s’y établit, le mouvement de réorganisation qui s’y fit sentir à partir de 1886, le développement de ses relations commerciales, y attiraient une foule toujours croissante d’étrangers. Des entreprises s’organisaient pour y amener des caravanes de visiteurs et pour les promener à forfait parmi les monumens de l’antiquité. Le vieux musée de Boulaq, devenu insuffisant, avait été transporté en 1890 à Gizeh, dans l’ancien palais d’Ismaïl pacha, fort mal approprié à sa destination nouvelle. Mais on achevait, en 1901, de lui préparer un nouveau domicile sur l’autre rive du fleuve, dans le plus beau quartier du Caire, à Qasr en-Nil, et, en 1902, le nouveau directeur inaugurait l’édifice, élevé, un peu à la hâte malheureusement, sur les plans, excellens d’ailleurs, de l’architecte français Dourgnon. Lui-même s’installait, tout près de ses collections, dans l’élégante demeure, d’aspect oriental, où nombre de Français et d’étrangers ont trouvé l’accueil le plus hospitalier. C’est là qu’il a passé quatorze années d’un travail incessant, dont fait foi la seconde série de ses rapports annuels, publiés de 1899 à 1913.
Il était maintenant le chef très occupé d’un personnel nombreux, qu’il avait autrefois commencé à former, et qui, accru par ses successeurs, se complétait et s’organisait définitivement sous sa direction. Ce personnel, qui ne comprenait encore, en 1899, lorsqu’il arriva, que vingt-quatre fonctionnaires. et agens subalternes, en comptait cent quatre-vingt-dix-sept en 1911.
Après l’accord anglo-français de 1904, l’Égypte fut répartie, quant au service des antiquités, entre quatre inspecteurs en chef, qui prirent résidence à Louxor, Assiout, Sakkarah, Mansourah. Grâce au patriotisme avisé de Maspero, il avait été stipulé que le directeur et deux inspecteurs en chef seraient
