1820, sous ce titre : Apuntes filosóficos sobre la dirección del espíritu humano. C’est un résumé d’idéologie, comme on disait alors, c’est-à-dire de logique et de psychologie, la substance de ses leçons. Ce petit ouvrage, que l’auteur considérait comme un index des questions proposées aux examens publics qui suivirent son dernier cours de philosophie du séminaire Saint-Charles, fut inséré dans ses Mélanges philosophiques, Miscelánea filosófica, réimprimés l’année suivante à Madrid (1821, in-8o). Ces mélanges ou entretiens philosophiques, qu’il ne cessa pas de revoir pour les améliorer, furent rédigés à la prière d’un de ses élèves, enlevé tout jeune à son affection. C’est le plus soigné de ses ouvrages. Il déclare que son but était d’initier la jeunesse aux principes de la raison et de la moralité et aux merveilles de la nature, para indicar à una estudiosa y amable juventud las sendas de la razon y de la moralidad, los portentos y delicias de la naturaleza. Les neuf premiers chapitres de cet ouvrage sont empruntés à la logique de Destutt de Tracy. La partie pédagogique est remarquable. La première édition parut à la Havane en 1819, la seconde à Madrid en 1821, la troisième à New-York en 1827.
L’ouvrage capital de Varéla, les Leçons de philosophie, a eu cinq éditions, sans compter celles qui furent publiées au Mexique et ailleurs. L’auteur surveilla celles de Philadelphie et de New-York. Dans cet ouvrage fondamental, l’auteur se montre tel qu’il était comme éducateur et comme philosophe. C’est un réformateur courageux qui humanise la science, qui proclame les droits de la raison, qui prétend prémunir la jeunesse contre le fanatisme et l’impiété, en prêchant la tolérance. L’ouvrage traite successivement des règles pour la direction de l’esprit, de la nature humaine, et de ce que les anciens appelaient la nature des choses. L’ignorance est attribuée à l’appareil pédantesque des termes techniques, à l’exercice excessif de la mémoire, à l’abus de l’autorité, et surtout de l’autorité religieuse. Dans le traité de l’homme, il est question des passions et de leur influence sur les idées, du droit naturel et du patriotisme. Dans le traité des corps, la physique générale sert d’introduction à la physique particulière et à la chimie. L’ouvrage, dans son ensemble, donne l’idée d’un maître excellent, recommandable par la méthode, la clarté, la simplicité, relevant par la distinction du langage cette grâce naturelle qui lui attirait la sympathie de ses auditeurs. Dans l’espace de neuf ou dix ans, il réforma l’enseignement et prépara des hommes qui devaient honorer la patrie. Honneur à l’instituteur patriote !
La révolution de mars 1820, dirigée par le général D. Rafael del Riego, rétablit la constitution de 1812, la première charte des libertés espagnoles. La Société des amis du pays, foncièrement libérale, décida la fondation d’une chaire de droit public (Catedra de Constitución). Avec le consentement de l’évêque Espada, cette chaire fut ajoutée à celles du séminaire. C’était la Société patriotique qui en faisait les frais.
