Donc, quand éclata la guerre civile, le grand-maître Albert Pike et tout le Suprême Conseil de Charleston se déclarèrent en faveur des partisans du maintien de l’esclavage.
À la tête des fédéraux, c’est-à-dire des abolitionnistes et partisans du maintien à tout prix de l’union intégrale des états, se signalèrent les généraux Scott, Mac-Clellan, Mac-Dowell, Burnside, Pope, Butler, Banks, Rosencrantz, Sherman, Hooker, Meade, Thomas, Sheridan, Terry, Sommer et Grant, ainsi que les commodores Dupont et Foote. Du côté des confédérés, c’est-à-dire des esclavagistes voulant la séparation d’avec les états du Nord, les chefs les plus en vedette dans cette lutte terrible de quatre ans, furent les généraux Beauregard, Price, Jackson, Lee, Van Dorn, Bragg, Longstreets, Ewell, Hardee, Albert Pike, Carley, Hood, Lowell, Léonidas Polk, Brekenrige et Johnston. C’est surtout à Grant que revient la part la plus grande des succès décisifs obtenus par les unionistes, pendant les deux dernières années. Les séparatistes, eux, remportèrent aussi de nombreux avantages, d’abord, alors que Jackson fut leur généralissime, — il périt, en revenant de la bataille de Chancellorsville, le 3 mai 1863, mortellement blessé par un de ses propres soldats qui l’avait pris pour un abolitionniste, — et ensuite, avec Lee, qui fut le héros du parti par l’audace et la vigueur de ses opérations.
La guerre fut faite avec une véritable sauvagerie de la part des confédérés séparatistes. Comme ils n’avaient presque pas de marine, leur président, Jefferson Davis, délivra des lettres de marque à tous les corsaires qui voulurent profiter de ces tragiques événements pour en augmenter l’horreur, en se livrant au banditisme, en capturant et pillant les navires marchands appartenant à des armateurs des états du Nord.
Léonidas Folk, qui était pasteur protestant dans l’Arkansas en 1833, époque où il initia Albert Pike a la franc-maçonnerie, et qui en 1841 avait été nommé évêque de la Louisiane, se déclara, dès le début du conflit, hautement pour la séparation et pour le maintien de l’esclavage ; et, à raison de ce qu’il avait été sous-lieutenant d’artillerie avant d’exercer le ministère sacerdotal, il reprit le service militaire pour combattre sa patrie ; on vit alors cet évêque franc-maçon, improvisé général, mis à la tête du 2e corps d’armée des confédérés. Il envahit le Kentucky. Il prit part à la terrible bataille de Chickamanga (20 septembre 1863), où les séparatistes vainquirent les unionistes, à celle de Chattanooga (5 mai 1864), où ceux-ci, par contre, triomphèrent, et trouva la mort au milieu de la mêlée, après avoir fait un épouvantable carnage. Ainsi finit le digne parrain maçonnique d’Albert Pike.
On sait que ces combats de la guerre de la Sécession sont au nombre des plus sanglants dans l’histoire du monde : plusieurs batailles durèrent
