De là la nécessité logique de l’emploi successif de l’observation et du raisonnement : l’une, élément de certitude ; l’autre, de puissance et de grandeur : l’une, source unique de la connaissance des faits naturels ; l’autre, de la découverte des rapports, des généralités, et finalement des lois de la nature. La science, comme elle a deux ordres de vérités à connaître, aura désormais deux méthodes. Après avoir recueilli tous les enseignements qu’il peut devoir au témoignage des sens, le naturaliste osera s’élever, par la pensée, vers de plus générales et
cet esprit. Se déterminer seulement d’après l’analogie, ou se rendre trop difficile sur les faits, ce sont, l’auteur insiste fortement sur cette vérité, ce sont deux extrêmes, deux écueils entre lesquels est la véritable route de la science. L’anatomie philosophique cherchera à ne point s’en écarter ; elle marchera par degré, s’efforçant de n’exagérer (chose difficile au début) ni la hardiesse, ni la prudence, et créant ainsi peu à peu sur l’ensemble de l’organisation une doctrine non imaginée a priori, mais découlant des faits observés.
Dans le Discours préliminaire du tome II, Geoffroy Saint-Hilaire est plus explicite encore : « Dans l’ordre progressif de nos idées, c’est le tour présentement des recherches philosophiques, qui ne sont que l’observation concentrée des mêmes faits, que cette observation étendue à leurs relations, et ramenée à la généralité par la découverte de leurs rapports. » En s’engageant dans des voies aussi différentes de celles de Schelling, Geoffroy Saint-Hilaire a toujours professé la plus vive admiration pour les efforts des savants allemands. « L’Allemagne…, cette admirable nation…, » a-t-il dit, à l’occasion des Philosophes de la nature, dans l’un de ses derniers écrits.
