La résistance de Go-Daïgo ne fut pas de longue durée. Après des alternatives de succès et de revers, le général infidèle le force à se réfugier à Yoshino, s’empare de Kioto, y proclame un empereur de son choix, et, se faisant décerner le titre de Shogoun, rétablit ainsi cette haute dignité prétorienne tombée dans l’oubli par la faiblesse de ses titulaires.
Cependant Go-Daïgo, ou tout au moins ses successeurs, ne se tiennent pas pour battus. Durant plus de cinquante ans, les deux cours, de Yoshino, où se sont réfugiés les souverains légitimes, et de Kioto, devenue l’asile de la faction schismatique, se partageront une pourpre, illusoire pour les Mikados, un peu plus effective pour cette nouvelle famille des Ashikaga élevée tout d’un coup à son apogée. Désormais aussi, la nation japonaise tout entière se retrouvera divisée en deux partis, celui des Mikados du Nord et celui des Mikados du Sud. L’anarchie y sera portée à son comble, les Shogouns, eux-mêmes, ne pouvant plus tenir en bride les passions indomptées de leurs propres partisans. Partout les daïmios prêteront ou refuseront obéissance, au gré de leurs intérêts, de leurs caprices, de leurs rancunes. Le Japon verra s’accumuler les ruines et se succéder les massacres. Jamais période plus troublée n’aura marqué les annales de ce pays où le respect traditionnel pour le souverain a constitué jusqu’alors un dogme incontesté.
Afin de mettre un terme à une situation aussi déplorable, les deux branches rivales se décidèrent enfin
