Il s’y décida à la suite du fait suivant. On rapporta à Henrique, évêque de Ceuta, ancien moine franciscain et prêtre très fanatique, que, dans son diocèse d’Olivença, cinq Marranes étaient soupçonnés d’observer les rites juifs. Sans se préoccuper si l’Inquisition était autorisée par le pape et le roi à fonctionner en Portugal, ce prélat fit brûler les inculpés (vers 1530). Après cet exploit, que le peuple célébra par des courses de taureaux, Henrique engagea le roi à en agir ainsi partout avec les Marranes suspects. João résolut alors de demander au pape Clément VII la nomination d’inquisiteurs en Portugal.
Quelques membres du clergé, esprits sages et équitables, notamment Fernando Coutinho. évêque d’Algarve, et Diogo Pinheiro, évêque de Funchal, s’élevèrent avec force contre la décision du roi. Ils avaient été témoins des procédés iniques et cruels par lesquels on avait imposé le baptême aux Juifs sous le règne de Manoël, et ils ne pouvaient pas admettre que des hommes ainsi convertis par la violence fussent considérés comme chrétiens, pas plus pour être traités en hérétiques que pour être nommés juges ou revêtus de dignités ecclésiastiques. Coutinho rappela aussi au roi que, récemment, le pape lui-même avait autorisé plusieurs Marranes de ’Rome à retourner au judaïsme. En effet, Clément VII, d’accord avec le collège des cardinaux, avait offert à des Marranes un asile à Ancône et leur permettait d’y vivre eu Juifs. À Florence et à Venise aussi, ils pouvaient pratiquer leur ancienne religion. Coutinho conseilla donc d’attirer les Marranes au christianisme par la douceur et la persuasion, et non pas par des persécutions. João persista, malgré tout, dans son dessein, et l’ambassadeur du Portugal à la cour pontificale, Bras Neto, fut chargé de solliciter dans ce but une bulle de Clément VII. Mais le pape opposa une grande résistance à la demande du roi.
On s’explique en partie la répugnance de Clément VII à laisser introduire l’inquisition en Portugal par la sympathie bizarre qu’il éprouvait alors pour Salomon Molcho. Cet illuminé était, en effet, venu d’Orient en Italie (1529) pour accomplir sa mission messianique. C’est dans la capitale d’u christianisme qu’il voulait proclamer la délivrance prochaine des Juifs. Son exaltation confinait à la folie, mais, avec ses manières étranges, il offrait tant de
