Enfin la Congrégation du Concile de Trente eut souvent à se prononcer sur les privilèges dévolus aux docteurs. Deux questions surtout l’occupèrent aux xviie et xviiie siècles : par qui l’Université était-elle réellement composée et les non agrégés en faisaient-ils partie intégrante ? Quelles étaient l’étendue et les limites de la juridiction universitaire[1] ? Malgré la sage lenteur qu’elle mit à faire connaître ses décisions, la Congrégation ne les vit pas toujours confirmées par le Saint-Père, plus disposé qu’elle à maintenir dans la possession de privilèges même surannés, un corps issu d’un acte de la bienveillance pontificale et qui ne lui ménageait pas d’ailleurs les témoignages d’un dévouement sans réserves et d’un respect vraiment filial[2].
