Dès lors, la première place était assurée, dans les Universités, aux Facultés qui conduisaient aux deux professions libérales par excellence : la médecine et le droit.
Encore dans la Faculté de jurisprudence une révolution s’était-elle produite. L’étude du droit canon n’ouvrait plus, comme autrefois, l’accès des hautes dignités ecclésiastiques ; depuis le concile de Trente, la théologie avait supplanté le droit. Bien que les chaires de droit canonique eussent été maintenues et qu’une certaine connaissance de ce droit fût exigée de tous les étudiants, la clientèle des Facultés de droit se recrutait surtout parmi les candidats aux fonctions civiles : magistrature, barreau, offices de justice de toutes sortes.
L’Université d’Avignon attirait à elle non seulement les étudiants du Comtat, mais, on l’a vu, ceux des provinces françaises voisines. Mais le roi de France s’était résolu, à la fin du xviie siècle et au commencement du xviiie, à réglementer les études médicales et juridiques, à déterminer la durée des cours, la forme des examens, l’âge des candidats et les conditions auxquelles les grades pourraient être délivrés. Tout en maintenant les privilèges jadis accordés aux Comtadins, il exigeait de ceux-ci, s’ils voulaient aller exercer des fonctions publiques dans le royaume, qu’ils eussent suivi les cours réglementaires et subi des épreuves pareilles à celles qu’on imposait aux gradués dans les Universités du royaume. Mêmes obligations aux Français étudiant à Avignon, qui briguaient des charges semblables. L’Université d’Avignon dut, en conséquence, se conformer aux règlements de 1690, de 1700, de 1707. Elle les accepta de bonne grâce, même avec un vif empressement ; mais elle n’eut garde d’en assurer l’exécution rigoureuse ; les Facultés françaises elles-mêmes ne donnaient-elles pas, d’ailleurs, à ce sujet, l’exemple d’un étrange laisser-aller ?
