Un décret de Napoléon III, signé le 8 janvier 1854, régla que les fonds nécessaires seraient avancés par le trésor public et que l’ancienne maison deviendrait purement et simplement bien de l’État. M. Tony Desjardins, architecte diocésain, préféré à M. Chenavard, ouvrit les premières tranchées au printemps de 1855.
La pose et la bénédiction de la première pierre furent célébrées au milieu d’une grande pompe, le samedi 14 juillet ; le cardinal la scella de ses mains ; il était entouré de ses vicaires généraux, de la plupart des curés de la ville ; le supérieur de la maison était alors M. Louis Duplay ; les directeurs se nommaient MM. Denavit, Wavrin, Vincent, Sergeot, Thibault, Durieu et Ferry. Par ses fonctions de procureur, M. Durieu était appelé à prendre dans cette œuvre une part considérable ; son dévouement et sa peine ne sauraient être oubliés.
L’édifice reçut ses hôtes à la rentrée de l’année scolaire 1839, la veille de la Toussaint ; l’État avait supporté une dépense atteignant en chiffres ronds dix-sept cent mille francs. Cependant, malgré le total élevé des crédits alloués, il avait été impossible de s’occuper immédiatement de la chapelle ; la salle des exercices était destinée à la remplacer jusqu’à la venue de ressources providentielles ; on se réduisait au provisoire comme jadis dans la fondation primitive du xviie siècle. Heureusement, on en sortit plus vite. Au cours de la retraite pastorale de 1862, l’archevêque et son clergé se concertèrent à ce sujet et résolurent d’ouvrir une souscription. Elle fut annoncée par une lettre pastorale du 18 novembre, et son Éminence s’inscrivit le premier pour une somme de 12.000 francs ; la collecte, dans le diocèse, rendit près de 60.000 francs. Il n’y a qu’édification à révéler que les dons personnels du cardinal archevêque de Lyon atteignirent la somme de 72.000 francs. Entre les autres, deux offrandes sont à mentionner, elles vinrent d’Amérique et partaient de cœurs lyonnais : Mgr Odin, archevêque de la Nouvelle-Orléans, élève de Saint-Irénée, envoya 800 francs, et Mgr Dubuis, évêque du Texas, s’engagea pour 1.500 honoraires de messes à dire.
Après une décision favorable de M. Baroche, ministre de la justice et des cultes, accordée le 19 août 1863, on creusa les fondations sur le prolongement de l’aile nord, dans l’axe du levant au couchant. À l’issue de la retraite pastorale, qui fut close le 7 octobre, on procéda solennellement à la bénédiction de la première pierre et on pria le prédicateur, Mgr Chalandon, archevêque d’Aix, lyonnais de naissance, de remplir cette fonction liturgique. Mais les premiers fonds, bientôt absorbés, quoique Mgr de Bonald eut renouvelé six fois au moins son premier don, obligèrent de suspendre la construction après la campagne d’été de 1864. Vainement on alla jusqu’au cabinet du ministre présenter une demande d’allocation nouvelle ; une pétition remise à l’empereur, lors de son passage en 1865, eut le même sort ; il parut bien que le gouvernement avait irrévocablement décidé qu’il n’interviendrait plus. À quelle bourse avoir recours ? On sollicita de Rome une faveur pour laquelle il existait des précédents, permettant sans appauvrir personne de constituer des revenus courants, jusqu’à la couverture des dépenses occasionnées par l’achèvement de la bâtisse. La perception de cette contribution, approuvée par un bref de Pie IX, ne demandait de la part des curés qu’un peu de bonne volonté ;
