Saint-Clair du Griffon, Sanctus Clarus ultra lo Griffoz, Sanctus Clarus ripperie Rhodani, près du dernier bastion du rempart descendant de la Croix-Rousse : il s’était appelé tantôt Saint-Irénée, et tantôt Sainte-Blandine, et, dès le ixe siècle, il servait à une station des Rogations ; Saint-Sébastien, sur la colline de ce nom ; longtemps il avait été un prieuré sous la dépendance d’Ainay et n’avait été supprimé comme tel qu’en 1251 ; Saint-Marcel, dans le quartier des Terreaux, 
fut cédé, en 1260, aux Frères de la Pénitence de Jésus-Christ ; le dernier, Saint-Vincent, touchait à la Saône, en face de Saint-Paul, dont il relevait ; dans les temps reculés, le Barbet de Saint-Just avertit que les ecclésiastiques du lieu étaient convoqués pour porter la châsse des reliques des saints, de la Platière à Sainte-Blandine.
On compta six compagnies de Pénitents, assez richement dotées pour se loger chez elles et chanter leur office, portes closes, sous un toit leur appartenant. Les Confalons, créés en 1575, bâtirent leur chapelle au chevet de Saint-Bonaventure ; la première pierre en fut bénite, le 29 décembre 1031 ; les descriptions qui nous sont parvenues la montrent décorée de tableaux et de sculptures des maîtres les plus fameux. Les Pénitents du Crucifix se rassemblèrent en 1590 ; ils obtinrent et réparèrent la recluserie de Saint-Marcel ; ceux de la Miséricorde achetèrent, en 1036, aux Carmes des Terreaux, le terrain dont ils avaient besoin ; ceux de Lorette s’installèrent, en 1650, sur le quai de la Charité ; ils émigrèrent ensuite place Croix-Pâquet, et leur immeuble désaffecté devint l’atelier de Chinard, qui le paya peu comme bien national. Les Pénitents de Saint-Charles s’organisèrent en société mutuelle de prière et de secours contre les épidémies, dès 1082 ; ils errèrent longtemps, d’asile en asile, sous leur cagoule bleue ; ils attendirent jusqu’en 1737, pour se fixer à l’extrémité de la rue de la Charité, qui se terminait aux remparts d’Ainay.
Petit ou vaste, aucun des hôpitaux, maladreries, refuges d’étrangers, ne fut dépourvu d’une chapelle ; de ce chef, douze à quatorze noms affluent au bout de ma plume : je les énumérerai, sans trop distinguer leur importance : Sainte-Marie, plus tard Notre-Dame de la Saunerie ; Saint-Éloy, fondation mérovingienne
