Au fond de l’église, la tribune est supportée par deux piliers et deux groupes de colonnes. Entre les piliers et les colonnes, sous une voûte, se trouve, de chaque côté, un petit autel. Celui de droite est surmonté d’une statue de Notre-Dame de Pitié ; le devant d’autel décoré d’un bas-relief représentant la couronne d’épines et les trois clous, avec ces mots : « Souvenir de la mission, 1900. » Sous la voûte de gauche, faisant vis-à-vis, se trouvent les fonts baptismaux, dont la demi-vasque est reliée à un petit édicule formant tabernacle avec porte dorée et surmontée d’une colombe. Au-dessus se trouve un petit groupe représentant le Baptême de Notre-Seigneur. Enfin, au fond, à droite de la porte principale, se voit une inscription : « Dallage donné par Mr Guillaud, en 1869. »
Le chœur est éclairé de deux rangées de baies portant chacune cinq vitraux ; ceux du haut sont divisés en trois parties. Celle du milieu représente Jésus en Croix, entre la Vierge et saint Jean. Sur la verrière de gauche on voit saint Épagathe, sainte Blandine et saint Pothin ayant près de lui une image de la Sainte-Vierge. Sur celle de droite, saint Irénée, accompagné de deux personnages, dont saint Attale ; au-dessous de ce dernier se lit une inscription latine dont le sens est : « Voici la colonne de notre église. » Les cinq vitraux du bas comptent chacun quatre scènes relatives aux martyrs de Lyon. Celui du milieu représente les différents supplices de sainte Blandine : 1° elle paraît devant les juges : 2° elle est exposée aux lions qui la respectent ; 3° elle est placée dans un filet et livrée à un taureau sauvage ; 4° on lui tranche la tête.
Sur une autre verrière, l’artiste a très heureusement représenté les cryptes de notre ville, c’est-à-dire les édifices primitifs où est gardé le souvenir du culte rendu à sainte Blandine. On y voit le cachot Saint-Pothin à l’Antiquaille, la crypte Saint-Irénée, celle d’Ainay, enfin on y a ajouté la nouvelle église Sainte-Blandine.
Les petites nefs sont éclairées chacune par quatre vitraux. À droite ils représentent : 1° Sainte Lucie, avec, au bas, les indications suivantes : « Hector Flandrin l’a peint, Pagnon l’a exécuté en 1889 » ; 2° Saint Étienne, don de deux sœurs M. G. et L. G. 1888 ; 3° Saint Antoine de Padoue donné par J. G., en 1889 ; 4° Saint Joseph protecteur de l’Église universelle, donné par M. J., en 1891. Dans la nef de gauche, le premier vitrail représente sainte Anne, par Pagnon-Déchelette, avec, au bas, l’inscription : « En mémoire de ma mère, A. C, 2 décembre 1887 — Lyon 1888. » Le deuxième rappelle
