L’année 1622 donna aux Récollets l’assiette qu’ils n’avaient pas encore obtenue en trois années : ils eurent permission de Thomas de Meschatin La Faye, vicaire général, de faire le plantement de la Croix dans la ville, et du consulat une seconde autorisation de bâtir, cette fois, dans l’enceinte. On sait, par une circulaire provinciale de 1630, que, dès l’année précédente, ils étaient dans l’intention d’ériger une chapelle assez ample. Leur bonne volonté ne fut vraisemblablement pas soutenue par de bons moyens, car la première chapelle assez misérable dut être démolie. L’acte de consécration de la seconde, par Mgr Camille de Neuville, n’est que de 1659. Voici la substance du procès-verbal : « Qu’il soit connu que l’année du Seigneur 1659, le dimanche de Pâques, trentième jour du mois de mars, nous avons dédié et consacré à l’honneur de Dieu tout-puissant, de la glorieuse Vierge et de tous les saints l’église édifiée de neuf au monastère des Pères Récollets, sur la montagne de Fourvière, en notre ville. Cette église possède trois autels ; le majeur et principal sous l’invocation et à l’honneur de saint François renferme des reliques des saints Fulgence et Valentin ; celui qui est sous le titre de la bienheureuse Vierge Marie, des reliques de sainte Anne sa mère et des saints martyrs Candide et Paulin ; celui enfin qui est voué à saint Didace, confesseur, des reliques des saints martyrs Cassien et Flavien ». L’acte se termine par la concession de 10 jours d’indulgence à tout fidèle qui visitera l’église dans les dispositions et aux conditions requises. Entre toutes les églises monastiques qui couvraient Fourvière, cette chapelle fut particulièrement populaire, il s’y fit maintes belles cérémonies et, qui mieux est encore, plusieurs abjurations de protestants d’importance, et cela l’année même de la consécration.
Le 24 mars 1653, le père Fortuné, gardien aussi distingué par sa science que par sa vertu, bénit une seconde chapelle petite, mais de justes proportions et de bon style, la chapelle de l’infirmerie, qu’il dédia à Notre-Dame-de-Pitié. Auparavant, le 3 janvier 1673, le définitoire, sorte de conseil, en sa première session de l’année, avait accepté de Michel Gros, seigneur de Saint-Joyre, gentilhomme charitable résidant à Lyon, la fondation, dans l’église du monastère, déjà enrichie de plusieurs présents, d’une chapelle dédiée à Saint-Pierre d’Alcantara, Franciscain. «. M. Michel Gros, seigneur de Saint-Jouerre et M. Antoine Michallet, architecte, lit-on dans l’acte de fondation, ont, étant présents par devant nous notaire royal, pris engagement de faire et construire une chapelle dans l’église des Révérends Pères Récollets, à l’entrée d’icelle, du côté de bise, de la longueur et largeur de la place qui est entre la chapelle de M. Guiston, baron de Vaulx, du côté du soir, et l’entrée maîtresse du côté du matin ; et sera tenu ledit sieur Michallet de faire rehausser le mur de ladite chapelle de toute la hauteur et longueur nécessaire pour la construction ; item, de faire la voûte de ladite chapelle avec celle de la sépulture couvert en dôme. » Le 12 février 1673, le père Morin, gardien, remercie le seigneur de Saint-Joyre de la protection et de la générosité que marqua toujours sa famille envers les Récollets, et de la chapelle Saint-Pierre d’Alcantara qu’il a fait construire : en retour, il lui reconnaît tous les droits et privilèges que les frères Mineurs peuvent accorder à leurs bienfaiteurs, celui surtout de mettre ses armes et les armes de madame de Saint-Joyre sur ladite chapelle, enfin d’y être enterrés tous deux.
