avant de l’autel, au milieu d’une mosaïque récente, mais copiée sur des parties anciennes encore existantes, se voit la mosaïque dite du pape Pascal II : un personnage de grandeur naturelle, mitre, porte dans ses mains la reproduction de l’église d’Ainay. Au devant, une inscription, en partie refaite, contient ces mots : « Hanc ædem sacram Paschalis papa dicavit », c’est-à-dire : ce saint édifice a été consacré par le pape Paschal. À droite et à gauche, deux inscriptions du xiie siècle, en vers léonins, également en mosaïque, contiennent une invocation à l’eucharistie.
L’absidiole de droite est sous le vocable de saint Badulphe, elle ne présente de remarquable que la fresque d’Hippolyte Flandrin : saint Badulphe bénissant l’abbaye qu’il a fondée. L’absidiole de gauche, consacrée à saint Benoît, possède une fresque du même artiste : le patriarche des moines donnant sa règle aux religieux d’Ainay.
La coupole du transept a été récemment l’objet d’une somptueuse décoration, due au peintre Lamerre. La fresque représente, au centre, la Vierge immaculée, entourée de quatre anges, et au-dessous, sur les faces principales de la coupole, saint Joseph et les prophètes David, Ézéchiel et Daniel. Les quatre trompes sont ornées des animaux symboliques. À la coupole est suspendu un lustre, réminiscence de celui d’Aix-la-Chapelle en cuivre doré et émaillé ; il représente les murailles d’une ville flanquée de tours. Le long des murs, on a récemment placé un chemin de croix en cuivre émaillé dû à l’artiste si connu de Lyon, Armand-Caillat. Dans la grande nef, la chaire est à signaler ; c’est une œuvre du sculpteur lyonnais Fabisch : elle est de marbre blanc ; la cuve octogonale, ornée de panneaux sculptés, est supportée par six colonnes.
À droite de la grande église, du côté de l’épître, et communiquant avec le chœur par de grandes arcades, se trouve la chapelle Sainte Blandine. On ne saurait mieux faire pour donner une idée exacte de ce monument, que de transcrire en partie la description si exacte donnée par M. Thiollier, dans ses Vestiges de l’art roman en Lyonnais (1893) :
