Les choses durèrent ainsi jusqu’en 1860. Pendant cet intervalle, un évêque des Missions Étrangères écrivit à l’abbé Colomb pour lui témoigner le désir de posséder quelques-unes des religieuses dont il était le père spirituel. La proposition fut transmise à mère Thérèse qui n’accepta pas ; une jeune novice, sœur Agnès, à qui M. l’aumônier fit directement la proposition de partir en mission, refusa également.
Sur ces entrefaites, les dames de Nazareth, qui habitaient la maison voisine, la quittèrent pour s’établir à Oullins ; l’immeuble laissé était spacieux, une partie était adjacente à celle que les sœurs du Sacré-Cœur habitaient, et séparée d’elles seulement par-un mur mitoyen. M. Colomb acheta la chapelle, et offrit à ses sœurs la partie des bâtiments la plus proche, à condition qu’elles feraient l’adoration dans la chapelle qui en faisait partie. La condition acceptée, on décida de prendre possession le jour de Noël, par la célébration de la messe de minuit. La veille de ce jour, les sœurs désiraient nettoyer et orner l’oratoire, mais l’exprès envoyé à Oullins, pour demander les clés, se fit attendre longtemps. De l’avis de M. l’aumônier, on se décida à faire un trou dans le mur tout près de la cuisine et de pénétrer dans l’intérieur de la maison par cette ouverture. On dressa promptement un autel provisoire, car les dames de Nazareth avaient emporté le leur, et à minuit tout fut prêt. À dater de ce jour, les sœurs furent installées dans cette chapelle et y firent l’adoration.
Des difficultés allaient pourtant surgir. Quelque temps après, M. Colomb établit la confrérie des Cinq Plaies de Notre-Seigneur, et fonda une association de dames, devenue depuis la congrégation des chanoinesses Saint-Augustin. Elles occupaient les bâtiments des dames de Nazareth, non utilisés par les sœurs du Sacré-Cœur. Ces dernières jouissaient de la chapelle, les premières faisaient leurs exercices dans un appartement situé près du sanctuaire et servant de chœur ; elles avaient en outre une petite tribune pour l’adoration de la nuit. Les choses durèrent ainsi jusqu’en 1870, où les supérieurs firent des démarches à l’archevêché pour obtenir la séparation des deux congrégations. Mère Xavier, qui avait succédé à sœur Thérèse, s’entendit dans ce but avec M. Pupier, curé de Saint-Paul à Lyon, tout dévoué à la communauté des Sacrés-Cœurs, et tous deux s’adressèrent à monseigneur l’archevêque, qui approuva leur projet. Pour loger, il restait les bâtiments, dont mère Thérèse avait fait l’acquisition, mais ils étaient insuffisants ; on fut obligé de faire coucher à la grange les orphelines qu’on avait recueillies l’année précédente ; d’autre part, la modeste salle qui abritait les vingt-cinq religieuses était fort délabrée. Mère Xavier comprit qu’on ne pouvait rester dans cette situation ; de lavis du supérieur, elle se décida à faire réparer les bâtiments qui menaçaient ruine, et à en faire construire de neufs. On commença le 16 août 1870, à bâtir l’écurie et on continua pendant sept ans, avec des alternatives de ressources et de pauvreté ; on acheva de la sorte l’édifice et la chapelle dont il reste à donner une description détaillée.
L’église a été commencée en 1872 et consacrée le 8 juillet 1876, par Mgr Thibaudier, évêque nommé de Soissons. De style gothique, elle comprend une seule nef, une abside de quatre travées et une tribune. Les travées sont divisées par d’élégants arceaux reposant sur des colonnettes. Le maître-autel de pierres blanches, se compose d’une table
