Entre temps, leur tranquillité avait été troublée par de menues contestations avec leurs propriétaires, les Carmes du grand couvent, vulgairement appelés Grands-Carmes. Propriétaires est une façon de parler ; dès 1623, tandis qu’ils n’étaient encore qu’en période de formation, ces religieux, sur la demande du sieur Laure, avaient obtenu du consulat et de la sénéchaussée l’autorisation de construire, dans la cour de leur couvent, une chapelle et un tombeau sous le vocable de Notre-Dame de la Miséricorde, à l’usage de la future compagnie qui allait devenir ainsi sa locataire, mais qui avait dû acheter l’emplacement nécessaire à cette construction. Or, posséder une chapelle dans l’enceinte d’un monastère n’était pas une mince affaire, malgré qu’elle fût d’espace réduit, puisque le sanctuaire n’avait que trente-six pieds de longueur sur autant de largeur.
Des difficultés étaient à prévoir parce que la convention relative aux engagements que prennent les confrères en retour de la permission canonique de s’établir, flotte dans une vague rédaction qu’on s’étonne de trouver dans un acte dressé par M. Gajan, notaire, le 1er mai 1632. Les confrères s’engagent à donner une pension et à faire du bien au couvent. Sur la première chapelle et le tombeau indiqués dans l’acte notarié comme dans le projet de supplique et dans la lettre de fondation archiépiscopale déjà cités, on ne possède que de maigres renseignements, par exemple ces lignes du mémoire d’un tabellion royal : « La chapelle construite aux frais des confrères de la Miséricorde est percée d’un portail à la muraille du malin. » Elle ne tarda pas à être insuffisante ; un acte du 31 janvier 1642, conclu entre les mêmes contractants, constate que l’on ne peut plus différer de la reconstruire parce qu’elle est devenue trop petite pour le nombre sans cesse croissant des confrères et des personnes qui y vont par dévotion ; les Carmes accordent donc aux confrères la permission de l’agrandir à leurs risques, et leur rappellent qu’ils ont une clef pour y rentrer par le clos du monastère. Neuf ans après, le 9 avril 1651, le notaire Roger enregistre un traité par lequel les moines acceptent le projet que leur a proposé la Compagnie de faire avancer la chapelle du côté nord, et de commencer à reconstruire la muraille ; l’acte est signé des profès « personnellement constitués et capitulairement réunis », savoir : Régnant Devaux, docteur de Sorbonne et prieur ; Étienne Moulins aussi docteur de Sorbonne ; Claude Perier, docteur ; Guillaume Poiniot, sous-prieur ; Louis Queron ; Antoine Marot ; François Régnaut ; Antoine Verdier ; Pierre Aubernier ; Pierre Rousselle ; Louis Jacques de Saint-Charles et Anselme de l’Assomption. Tous promettent de faire ratifier la présente convention au chapitre provincial. Les pénitents qui signent l’engagement sont Antoine Margat, docteur es droit, chantre de la collégiale Saint-Nizier ; Claude Laure, recteur de la confrérie, pour la présente année et les confrères Pierre-Eustache-François Voinet, François Juge, François Lard, députés et commis par l’assemblée générale tenue dans la chapelle de la Miséricorde. Les points principaux de l’accord sont les suivants : « Les Pères Carmes permettent aux confrères d’avancer leur chapelle de vingt pieds de longueur du côté de l’est et autant en largeur, près la muraille de la porte située au nord jusque aux maisons voisines du côté du midi ; les religieux remettent aux confrères tous les droits soit pour boucher les jours qui ont vue de ce côté, sans néanmoins être tenus à aucune maintenue ou restitution de deniers, attendu que ce qu’ils en font n’est qu’à la
