Nagasaki fit donc partie du domaine direct du gouvernement central. On mit d’abord un gouverneur à sa tête, ensuite on en mit deux. Mais pourquoi ce port fut-il ouvert aux étrangers et pourquoi le fut-il le premier ? Ce sont là deux questions qui nous semblent indispensables d’examiner pour pouvoir mieux juger de la conduite des Pères et étudier la transformation du centre du commerce étranger.
Les premières années de leur arrivée, les Portugais trafiquèrent dans le port de Kagoshima et allèrent ensuite au port de Hirado. La date et la cause de ce changement ne sont pas connues, mais ce fut vers 1549, comme nous l’avons vu, au moment où François Xavier se trouvait à Satsouma et ce fut, parait-il, la seule commodité du mouillage qui avait engagé les Portugais à faire ce changement.
Hirado devint un port de commerce de plus en plus florissant. Cependant Matsoura Takanobou, le seigneur de cette ville, n’accordait pas beaucoup de faveurs aux missionnaires qu’il faisait venir des Indes. Profitant du mécontentement de ces missionnaires, le seigneur d’Omoura, son voisin, chrétien très zélé, essaya, par leur intermédiaire, d’introduire les Portugais chez lui et de faire passer le centre du commerce dans le port de Yokosé-oura. Il fit donc savoir aussitôt au Père de Torrez que ce port serait ouvert aux navires portugais, qu’ils y seraient exempts de tous droits, qu’il leur céderait toutes les terres se trouvant deux lieues à la ronde, qu’il y aurait une maison pour les missionnaires et qu’aucun idolâtre
