Tous les deux ans, un Congrès général réunit les organisations confédérées : à ces assises, outre les questions de propagande, se précise l’orientation générale du mouvement syndicaliste. À ces congrès, les syndicats seuls ont voix délibérative, — étant seuls les unités confédérales ; les Fédérations Corporatives et les Bourses du Travail peuvent y envoyer — et y envoient — des délégués ; mais ceux-ci n’ont que voix consultative. Ces congrès sont l’équivalent, pour la Confédération, de ce qu’est, pour un syndicat, l’assemblée générale de ses adhérents ; grâce à ces réunions, les éléments syndicaux entrent en contact et il en résulte une fermentation utile ; les courants d’opinion se dégagent, l’orientation se précise.
À l’un des derniers Congrès (Amiens 1906), auquel un millier de syndicats y participaient, ayant mandaté 400 délégués. La question dominante qui fut discutée avait trait à l’autonomie de la Confédération : il était proposé de la faire entrer en rapport avec le Parti socialiste. Cette proposition fut repoussée à la quasi-unanimité : par 834 mandats contre une trentaine, il fut proclamé que la Confédération doit rester autonome et reconnu qu’elle est le seul organisme de lutte de classe réelle ; et aussi que le syndicalisme est apte à préparer et à réaliser, sans interventions extérieures, par la grève générale, l’expropriation capitaliste et la réorganisation sociale, avec pour bases, le syndicat qui, de groupement de résistance, se transformera en groupement de production et de répartition.
Chacun des Congrès Confédéraux de ces dernières années a marqué un grandissement de la force confédérale et, parallèlement, un accroissement de la conscience révolutionnaire. Celui d’Amiens de 1906 a été le couronnement de cette évolution.