Quelque temps après, l’armistice fut violé ; les lazzaroni désarmèrent la garnison de Naples, s’organisèrent pour la défense de la ville, et Mack, démissionnaire comme Macdonald, fut trop heureux de se tirer sain et sauf des griffes d’une foule qui voulait l’écharper. L’armée française marcha sur Naples et s’en empara, malgré la résistance des lazzaroni. Macdonald s’y rendit en curieux, y passa huit jours et s’en alla à Rome attendre sa destination future. Un jour qu’il faisait la sieste, un courrier l’éveilla; il était nommé, par un décret du 25 pluviôse an VII (13 février 1799), général en chef de l’armée de Naples, en remplacement de Championnet, tombé en disgrâce. Les deux généraux se croisèrent près d’Aversa, sans s’arrêter ni se parler.
Macdonald arriva de nuit à Naples, afin d’éviter la brillante réception qu’on voulait lui faire. Son commandement comprenait non-seulement le royaume, devenu république parthénopéenne, mais encore la république romaine et la Toscane. C’était beaucoup de terrain, d’autant plus que les communications n’étaient pas faciles, non pas même au plus près, entre Salerne et Naples. Tout était à faire en matière de gouvernement, d’administration et de finances ; Macdonald eut la bonne fortune de trouver un excellent collaborateur, le commissaire du Directoire, Abrial. Se déchargeant sur lui de la besogne administrative, il se livra tout entier aux soins qu’exigeait la situation militaire. L’insurrection était partout ; elle vint jusqu’aux portes de Naples, à Torre dell’ Annunziata, pendant qu’une trahison livrait aux Anglais, débarqués de leur escadre, la tour de Castellamare. Les insurgés furent battus, poursuivis jusqu’à Salerne, et la tour fut reconquise. Dans Naples même, la tranquillité était maintenue par une garde nationale, et, qui mieux est, par les lazzaroni, transformés en défenseurs de l’ordre depuis que leur chef avait été affublé d’un habit de colonel chargé d’or, surtout dans les poches.
C’était beaucoup, ce n’était pas assez; l’orage grondait sur toute l’Italie, des Alpes au golfe de Tarente. L’Autriche avait repris les armes, et la Russie envoyait son mystique et fougueux général, Souvarof, joindre le feld-maréchal Mêlas, qui descendait sur l’Adige. Le Directoire avait donné le commandement de l’armée d’Italie au général Scherer. Prévoyant un appel qu’il jugeait plus que probable, inévitable, Macdonald concentrait ses forces ; il proposait à son gouvernement l’évacuation de l’état de Naples et de l’état romain, en n’y conservant que les forteresses bien munies ; « mais, dit-il, c’était un principe de tout garder et de ne pas céder un pouce de terrain. « Il n’en continua pas moins ses apprêts ; la plus grande partie de ses troupes était cantonnée en avant de Caserte; les forts de Naples, Capoue, Gaëte, le fort Saint-Ange à Rome,
