C’est là toute l’histoire des grandes hérésies du Moyen Âge, dont la plus célèbre est celle des Albigeois à laquelle une croisade mit fin (1207-1214). C’est ce qui explique aussi qu’à côté de l’Université, souvent en opposition avec elle, se développe un certain mouvement de curiosité scientifique qui cherche à aller plus loin qu’Aristote. C’est le cas par exemple de l’alchimie : confiants dans l’idée que les différentes sortes de matière : argent, or, fer, etc…, ne sont que des variétés d’une même matière fondamentale (idée que la science moderne confirmera quelques siècles plus tard), les alchimistes cherchent à transformer le plomb par exemple en or, au moyen de la pierre philosophale, à la recherche de laquelle ils passent leur temps en expériences qui seront le point de départ de la science chimique. L’un des plus célèbres fut le théologien Albert le Grand (1206-1280), dont l’enseignement à Paris eut un succès énorme et dont le souvenir vit encore (Secret du Grand Albert). Les alchimistes furent souvent persécutés, accusés qu’ils étaient d’être en relation avec le diable.
Les mathématiques font quelques progrès avec Oresme (1323-1382), qui se montre le précurseur indiscutable de Galilée et de Descartes et est de ceux qui commencent à saper l’édifice de la scolastique. Mais c’est à l’Anglais Roger Bacon (1214-1294), qui séjourna longtemps à Paris, que l’on doit d’avoir été le premier à montrer le rôle de l’expérience dans la science, à montrer que la technique est la vérification de notre connaissance du monde. On doit le considérer comme l’ancêtre du mouvement scientifique qui allait se développer dans les siècles suivants.
