Aux élections de 1792, les premières qui eurent lieu en ce pays, il devint député du comté de Montréal-Est. En 1796, il représenta Montréal-Ouest avec Denis-Benjamin Viger, et en 1800 le comté de Montréal-Est l’élit de nouveau.
Dès les premières séances de 1792 il prit place à la tête de la chambre d’assemblée par la justesse de ses vues, l’éloquence de sa parole et, mérite très appréciable, l’art de procéder avec ordre et de profiter de toutes les chances qui s’offrent dans un débat. Il fut le principal champion des Canadiens et dépassa Pierre Bédard aussi bien que Chartier de Lotbinière, deux hommes de grande valeur cependant. Joseph Papineau était né en 1752 et Pierre Bédard en 1763. Tous deux disparurent de la vie parlementaire presque en même temps.
La taille imposante, le geste sobre et bien calculé, la voix sonore, une figure aux grands traits et pleine de vie, le flot des paroles coulant comme l’eau d’une source, rendaient Joseph Papineau admirable, et ses adversaires eux-mêmes faisaient son éloge. Il avait l’estime de tout le monde. Sa vie privée en faisait un modèle du citoyen utile et respectable.
Aux élections de 1800, il refusa de se porter candidat parce qu’il voulait consacrer son temps et ses ressources à l’éducation de ses enfants, les députés n’étant pas indemnisés pour leurs services. Il fut élu quand même, mais n’ayant assisté ni à la session de 1802 ni à celle de 1803, la chambre ordonna au sergent d’armes de le faire comparaître. Le 4 mars 1803, il parut à la barre de l’assemblée législative et supplia ses collègues de l’exempter de siéger, ce qui lui fut accordé après un assez long débat.
