Mais au commencement de ce siècle, on chercha à revenir sur ses pas ou plutôt à soumettre l’église à la volonté du bureau colonial, pour en faire un instrument politique, en asservissant l’autel au trône. En 1805 le gouvernement fit connaître à l’évêque son intention de revendiquer auprès de la cour de Rome, le privilège accordé aux rois de France par les concordats de nommer aux cures et d’accorder à cette condition à l’évêque un établissement solide et une reconnaissance complète ; mais M. Denaut jugea cette transaction trop dangereuse pour être acceptée dans des circonstances ordinaires.
Il était même tellement opposé à cette mesure qui aurait asservi l’église du Canada à un gouvernement protestant, que dans l’événement où le roi aurait imposé ce régime, il était décidé à faire d’abord des représentations avec le clergé et le peuple, puis d’avoir recours au St. siège, si le premier moyen ne réussissait pas.
En 1811, le gouvernement y revenait. « Vous-êtes dans une situation désagréable dit le gouverneur à M. Plessis, je désirerais qu’elle put s’améliorer. Vous ne tenez pas le rang qui conviendrait à votre place, et je ne puis vous reconnaître en votre qualité d’évêque ; mais il ne dépend que de vous d’être reconnu et autorisé dans vos fonctions extérieures par une commission du roi. » Il avait déjà été question de cela en 1805. Le changement arrivé dans le ministère avait empêché la poursuite de cette affaire. M. Plessis avait alors discuté plusieurs points avec sir Robert S. Milnes, le procureur-général Sewell et M. Grant, et s’était trouvé fort éloigné d’eux, entre autres sur la nomination aux cures qu’ils voulaient attribuer à la couronne. Sir James Craig voulait revenir sur cette affaire, et soutenir que cette nomination était une des prérogatives royales que le roi ne cèderait jamais. M. Plessis maintint que la collation, la juridiction et l’institution canonique
bien favoriser la transmigration en ce pays, voici, Monsgr, ce que je puis avoir l’honneur de vous répondre pour le moment… Il n’y a dans toute l’étendue du diocèse de Québec qu’environ 140 prêtres. Ce nombre est évidemment trop petit pour faire face à près de 150,000 catholiques que l’on y compte…
Le clergé de ce diocèse secondera ma manière de penser en tout ce qui dépendra de lui et, du côté du gouvernement, j’aperçois les intentions les plus favorables…
